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Erklärungen zur genetischen Farbzusammenstellung beim Madagaskar Großkopfgecko gibt es bisher nicht. Lediglich ist bekannt, dass Schwarz (Melanin), Rot (Erythrin) und Gelb (Xanthin) zum Bestandteil der drei natürlichen Grundfarben eines wildfarbenen Großkopfgeckos gehören. Diese Farben können durch bestimmte Abweichungen optisch variieren.

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